Et kontrollsystem gir ikke absolutt sikkerhet for at organisasjonens kontrollmål vil bli oppfylt. I stedet er det flere iboende begrensninger i ethvert system som reduserer sikkerhetsnivået. Disse iboende begrensningene er som følger:
Samarbeid . To eller flere mennesker som er ment med et kontrollsystem for å holde vakt over hverandre, kan i stedet samarbeide for å omgå systemet.
Menneskelig feil . En person som er involvert i et kontrollsystem kan rett og slett gjøre en feil, kanskje glemme å bruke et kontrolltrinn. Eller personen forstår ikke hvordan et kontrollsystem skal brukes, eller forstår ikke instruksjonene som er knyttet til systemet. Dette kan være forårsaket av tildelingen av feil person til en oppgave.
Ledelsesoverstyring . Noen i ledergruppen som har myndighet til å gjøre det, kan overstyre ethvert aspekt av et kontrollsystem til hans personlige fordel.
Mangler arbeidsdeling . Et kontrollsystem kan ha blitt designet med utilstrekkelig oppdeling av plikter, slik at en person kan forstyrre den korrekte driften.
Derfor må det aksepteres at intet system for interne kontroller er perfekt. Det er alltid en måte det kan mislykkes på eller blir omgått.
