Det er flere ulemper ved bruk av budsjettering i en bedrift, som er som følger:
Tid som kreves . Det kan være veldig tidkrevende å lage et budsjett, spesielt i et dårlig organisert miljø der mange iterasjoner av budsjettet kan være påkrevd. Tiden involvert er lavere hvis det er en godt utformet budsjetteringsprosedyre på plass, ansatte er vant til prosessen, og selskapet bruker budsjetteringsprogramvare. Tidskravet kan være uvanlig stort hvis det er en deltakende budsjetteringsprosess på plass, siden dette systemet involverer et stort antall ansatte.
Spill systemet . En erfaren leder kan forsøke å innføre budsjettmessig slakk, som innebærer bevisst å redusere inntektsestimater og øke utgiftsestimater, slik at han lett kan oppnå gunstige avvik mot budsjettet. Dette kan være et alvorlig problem, og krever betydelig tilsyn for å oppdage og eliminere.
Klandre for resultatene . Hvis en avdeling ikke oppnår de budsjetterte resultatene, kan avdelingslederen skylde på andre avdelinger som tilbyr tjenester til den for ikke å ha støttet avdelingen sin tilstrekkelig.
Kostnadstildeling . Budsjettet kan foreskrive at visse mengder overheadkostnader fordeles på forskjellige avdelinger, og lederne for disse avdelingene kan ta problemer med tildelingsmetodene som brukes.
Bruk det eller mist det . Hvis en avdeling har tillatelse til en viss mengde utgifter, og det ikke ser ut til at avdelingen vil bruke alle midlene i løpet av budsjettperioden, kan avdelingslederen godkjenne for store utgifter i siste øyeblikk, med den begrunnelse at budsjettet hans vil bli redusert i neste periode med mindre han bruker alt autorisert i dagens budsjett.
Vurderer bare økonomiske utfall . Budsjetter er først og fremst opptatt av tildeling av kontanter til spesifikke aktiviteter, og forventet resultat av forretningstransaksjoner - de tar ikke for seg mer subjektive spørsmål, for eksempel kvaliteten på produktene eller tjenestene som tilbys til kundene. Det omfatter heller ikke noen gjennomgang av risikoen virksomheten er utsatt for. Disse andre spørsmålene kan oppgis som en del av budsjettet, men dette gjøres vanligvis ikke.
Strategisk stivhet . Når et selskap oppretter et årlig budsjett, kan toppledelsen bestemme at organisasjonens fokus for neste år helt og holdent vil være å oppnå målene i budsjettet. Dette kan være et problem hvis markedet skifter i en annen retning en gang i løpet av budsjettåret. I dette tilfellet bør selskapet skifte sammen med markedet, i stedet for å overholde budsjettet.