Nettooppgjør er et betalingsoppgjørssystem mellom banker, hvor et stort antall transaksjoner akkumuleres og motregnes mot hverandre, og bare netto differensial overføres mellom banker. Betalinger som håndteres gjennom et nettooppgjørssystem venter vanligvis til slutten av dagen, da alle transaksjoner mellom bankene er oppsummert og motregnet av hverandre av en clearinginstitusjon; clearinginstitusjonen sender deretter informasjon om nettoverføring til oppgjørsinstitusjonen, som utfører overføring av midler mellom banker. Clearinginstitusjonen fullfører normalt sin daglige oppsummeringsprosess og overfører informasjon om nettoverføring til oppgjørsinstitusjonen etter avviklingstidspunktet for oppgjørsinstitusjonen.Dette betyr at overføringen av midler til kontoen til mottakerbanken blir forsinket med en virkedag. Noen få clearinginstitusjoner samler nettoverføringsinformasjon til bosetningsinstitusjoner ikke bare før avskjæringstidene, men flere ganger per dag, noe som gir rom for avviklingshastigheter som tilsvarer hastighetene i bruttooppgjørssystemer. Kostnaden for nettooppgjørstransaksjoner er lav, så transaksjoner med lavere verdi avvikles vanligvis gjennom disse systemene.
